Američko ministarstvo energetike objavilo je da će se superkompjuter Summit koristiti za pokušaj pronalaska lijeka za bolest Covid-19. Da pojasnimo: Naziv korona virusa koji uzrokuje Covid-19 je SARS-CoV-2.
Summit je mašina od 10 MW izgrađena sa 4.608 čvorova za obradu. Svaki čvor sadrži 2x Power9 CPU na 3.07GHz i šest Nvidia Volta V100 GPU-a. To je najbrži superračunalo na Zemlji, sa demonstriranim performansama od 148,6 petaFLOPS u Linpacku i vrhunskim performansama od preko 200 petaFLOPS.
Razlog zbog kojeg DOE prisvaja najbrže svjetske superračunalo za projekat je taj što je pokušaj pronalaženja metoda inhibiranja ili napada virusa računski prezahtjevan problem. IBM piše:
Kada pokušavaju razumjeti nove biološke spojeve, poput virusa, istraživači u mokrim laboratorijima razvijaju mikroorganizam i vide kako reagira u stvarnom životu na uvođenje novih spojeva, ali ovo može biti spor proces bez računala koji mogu izvoditi digitalne simulacije da suzi raspon potencijalnih varijabli, ali čak i tada postoje izazovi. Kompjuterske simulacije mogu ispitati kako različite varijable reagiraju s različitim virusima, ali kada se svaka od tih pojedinačnih varijabli može sastojati od milijuna ili čak milijardi jedinstvenih podataka i složenih s potrebom da se pokrene više simulacija, to može brzo postati kompjutaciono jako zahtjevno.
Zahvaljujući superkompjuteru, istraživači su u nekoliko dana pregledali 8000 spojeva i identificirali 77 potencijalno korisnih spojeva malih molekula koji pokazuju dokaze inhibiranja SARS-CoV-2.
Samit je bio potreban kako bismo brzo dobili rezultate simulacije koji su nam potrebni. Trebalo nam je dan ili dva, dok bi na normalnom računaru trebalo nekoliko mjeseci, “rekao je Jeremy Smith, predsjedavajući na Univerzitetu u Tennesseeju, direktor UT / ORNL Centra za molekularnu biofiziku i glavni istraživač u studiji. „Naši rezultati ne znače da smo pronašli lijek ili tretman za COVID-19. Mi se, međutim, nadamo da će naši računski nalazi istovremeno obaviti buduće studije i pružiti okvir koji će eksperimentalisti koristiti za daljnje istraživanje ovih spojeva. “
Ako ste pročitali da je Covid-19 u nekim aspektima sličan SARS-u, rana istraga virusa dovela je do tog zaključka. SARS i koronavirus dijele neke uobičajene strategije infekcije, što je dovelo do neke nade da se može pronaći inhibitorni agens. Koristeći Summit, Micholas Smith (nije pogreška pri tisku) testirao je kako se jedinjenja vezuju za „špic“ proteina S kako bi otkrili što može umanjiti šansu za uspešnu infekciju.
Otkad je obavljen prvi rad, pušten je tačniji model S-proteina kod koronavirusa. Tim koji koristi Summit planira ponovo pokrenuti svoju početnu analizu korištenjem detaljnijeg modela, koji može neke spojeve skinuti s liste ili tretirati na vrh.
Naučnici su naglasili da se svi njihovi radovi moraju testirati eksperimentalno, ali sad smo vidjeli neke dokaze da računari mogu biti korisni za ovakve proračune. Iako je veoma rano, naučnici su počeli da otkrivaju nove tretmane lijekovima pomoću mašinskog učenja.
Broj koronavirusa u svijetu raste ubrzano otkako je virus pobjegao iz Kine. Najbolji dan za virus od početka praćenja bio je 19. 2. kada je zabilježeno 516 novih slučajeva. Do 28. februara imali smo do 1.503 nova slučaja. 10. marta zabilježeno je 4.390 novih slučajeva koronavirusa. Broj osoba zaraženih Covid-19 na dan porastao je za 2,92 puta u samo 11 dana. To je puno manje loše od apokaliptičnih scenarija koji se obično predviđaju u filmovima o medicinskim katastrofama, ali to je ipak visoka stopa rasta. Ako se nastavi, gledaćemo 12.822 novih slučajeva dnevno do 22. marta i 37.441 novi slučajeva dnevno do 2. aprila.
Dobra vijest je, međutim, da se ukupni broj teških / ozbiljnih slučajeva i dalje smanjuje u apsolutnom iznosu. Prema Worldometers.info, za koji se čini da održava ažurirano svakodnevno praćenje, ukupan broj teških / ozbiljnih slučajeva smanjio se sa 11.553 22. februara na 5.771 10. marta, između ostalog je samo jedan dan od ozbiljnih slučajeva označeno je prema gore i to je bio mali skok, sa 6.272 na 6.401. Brojka je nastavila da opada.
Na pitanje hoće li Covid-19 imati značajan utjecaj na svjetsku ekonomiju već je odgovoreno: da. Otkazane su brojne glavne konferencije, što je lokalnim zajednicama oduzelo prihod. Aviokompanije izvještavaju o visokim padovima letenja uporedivim sa hitom koji su izveli nakon 11. rujna. Budući da su kineske tvornice zatvorene tjednima, cijela talijanska zemlja pod karantenom, a deseci milijuna ljudi koji sada praktikuju socijalno distanciranje (dobrovoljno ili na neki drugi način), pitanje hoćemo li osjetiti utjecaj u Sjedinjenim Državama je jasno: Da. Možda će trebati vremena da se stigne – ekonomski utjecaj događaja na udaljenim obalama može putovati različitim brzinama – ali usporavanja i otkazivanja već pogađaju kompanije.
Znači li to da trebate potrošiti i kupiti dvije tone proizvoda od papira za jednokratnu upotrebu? Ne. Ali to znači da će, na jedan ili drugi način, Covid-19 utjecati na naše živote.
Naftni rat koji je započeo između Rusije i Saudijske Arabije ove sedmice odličan je primjer kako SARS-CoV-2 može potaknuti globalnu recesiju, čak i ako se ispostavi da je medicinski rizik manji nego što se mislilo. Budući da Rusi i Saudijci doprinose da se vidi tko može naplaćivati manje nafte, američka proizvodnja nafte iz škriljaca možda će morati prestati ako cijene padnu predaleko. To bi imalo vlastiti utjecaj i na američku ekonomiju.
Još niko ne zna kuda se ovaj voz kreće, ali svi smo zajedno u njemu.
Izvor: Extreme Tech
