Biološka tamna materija je neformalni pojam za genetski materijal ili mikroorganizme koji nisu klasifikovani ili su slabo razumljivi.

Biološka tamna materija sadrži ne-kodirajuću DNK (neželjenu DNK) i nekodirajuću RNK. Smatra se da većina genomske tamne materije potiće iz drevnih elemenata koji se mogu koristiti i od drugih ponavljajućih elemenata niske složenosti. Nekategorizirani genetski materijal se nalazi kod ljudi i nekoliko drugih organizama. Njihova filogenetska novina može ukazivati na ćelijske organizme ili viruse iz kojih su se razvijali.

Biolozi ne mogu kultivisati i rasti 99% svih živih mikroorganizama, tako da postoji malo funkcionalnih uvida o metaboličkom potencijalu ovih organizama.